สถานีขนส่งผู้โดยสารกรุงเทพ (ถนนบรมราชชนนี) มีอาคารหลักสองส่วน คือ อาคารผู้โดยสาร และอาคารชานชาลา โดยมีทางเชื่อม (flyover) เชื่อมต่อกัน โดยอาคารผู้โดยสารแบ่งออกเป็น 4 ชั้น คือ G, M, 1 และ 2 โดยพื้นที่ส่วนในของชั้น G และ M เป็นลานจอดรถในอาคาร ส่วนพื้นที่ส่วนหน้าเป็นส่วนของเอสซีพลาซ่า ส่วนชั้นที่ 1 เป็นช่องจำหน่ายตั๋วตรงกลาง ล้อมรอบด้วยโซนพลาซ่า และชั้นที่ 2 เป็นโซนพลาซ่า และศูนย์อาหารทั้งชั้น

สำหรับฝั่งอาคารชานชาลา ชั้นบนเป็นที่ทำการส่วนบริการต่างๆ ของฝ่ายเดินรถ และห้องละหมาด ส่วนชั้นล่างเป็นชานชาลาผู้โดยสารขาออก

ส่วนอาคารประกอบอื่นๆ ขณะนี้อยู่ระหว่างการก่อสร้าง